藥理、皮膚并衛生事業管理等65個盛校級研究所。編輯出版的國家級及面向全國發行的期刊有《安徽醫科大學學報》、《中國藥理學通報》、《臨床與實驗病理學雜志》、《疾病控制雜志》等15種。近5年來，學校共承擔“863”、“973”計劃、國家科技支撐計劃和國家自然科學基金項目等121項。國家自然科學基金立項數近年來保持安徽百所省屬高校領先地位。學校3次獲得中華醫學科技獎一等獎，獲中華醫學科技獎科普獎1項。在《新英格蘭醫學雜志》、《自然遺傳學》等國際著名SCI刊物連續發表發現銀屑并紅斑狼瘡和麻風病易感基因論文，在復雜疾病易感基因研究上居國內領先水平。
學校同德國、瑞典、美國、加拿大、日本、韓國以及臺灣、香港地區的高等院校開展了密切的交流，雙方互派專家學者、互派學生、相互交流信息資料、共同開展科研合作。目前學校與歐洲、美洲國家的主要合作項目有：歐盟第六次框架合作項目、中美艾十字項目、中加農村衛生服務利用檢測和評價項目。學校選派中青年骨干教師和優秀學生赴瑞典卡羅林斯卡學院、德國烏爾姆大學和海德堡大學、加拿大大不列顛哥倫比亞大學等著名高校進修、攻讀博士學位，同時也接收國外友好學校的學生來我校見習。