1958年9月創建于北京，首任校長由郭沫若兼任。它的創辦被稱為“我國教育史和科學史上的一項重大事件”。建校后，中國科學院實施“全院辦校，所系結合”的辦學方針，學校緊緊圍繞國家急需的新興科技領域設置系科專業，創造性地把理科與工科即前沿科學與高新技術相結合，注重基礎課教學，高起點，寬口徑培養新興、邊緣、交叉學科的尖

端科技人才，匯集了嚴濟慈、華羅庚、錢學森、趙忠堯、郭永懷、趙九章、貝時璋等一批國內最有聲望的科學家， 得到迅速發展，建校第二年即被列為全國重點大學。

1970年初，學校遷至安徽省合肥市，開始了第二次創業。1978年以后，學校銳意改革，大膽創新，在全國率先提出并實施了創辦少年班、首建研究生院、建設國家大科學工程、面向世界開放辦學等一系列具有創新精神和前瞻意識的教育改革措施，得到迅速恢復和發展。“七五”、“八五”期間一直得到國家的重點建設，很快發展成為國家高質量人才培養和高水科學研究的重要基地。

20世紀90年代以來，學校主動適應國內外科技、教育和社會經濟發展的要求與挑戰，認真貫徹《中國教育改革和發展綱要》，大力推行教學科研改革和結構性調整，進行第三次創業。學校是國家首批實施“985工程”和“211工程”的大學之一，也是唯一參與國家知識創新工程的大學。

長期以來，學校大力弘揚“紅專并進，理實交融”的校風，堅持“我創新，故我在”和精品辦學、英才教育的理念，形成了不斷開拓創新的優良傳統，以及教學與科研相結合、理論與實踐相結合的鮮明特