合肥市最好的大學是中國科學技術大學，也叫中國科大、中科大，是全國著名大學，中國科學院唯一的直屬大學，全國綜合實力十幾名，自然科學（即理科）實力第七，理學學科全國第三。未來的幾年中國重大發明最有可能出現在中科大，同時中國科大也是中國建設世界一流大學九所院校之一，其余八所分別是北大、清華、浙大、復旦、南京大學、上海交大、哈工大。合肥工大也是合肥市非常好的大學，典型理工科大學，國家211工程大學，全國綜合實力排名第七十名。第三名是安徽大學，也是211工程大學，全國綜合實力在九十名上下。安徽農大是省內農業最好，安徽醫大是安徽省醫學最好，安徽中醫是省內中醫學強校。另外，安徽新華、安徽三聯也是全國很好的民辦本科院校。
合肥本科大學名單
中國科學技術大學
合肥工業大學
安徽大學
安徽農業大學
安徽醫科大學
安徽中醫學院
安徽工程大學
安徽建筑工業學院
合肥師范學院
合肥學院
安徽新華學院
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