福建中醫學院創建于1958年，是我國創辦最早的高等中醫藥院校之一，是福建省中醫藥教學、科研、醫療中心和我國對外對臺中醫藥合作交流基地和福建省重點建設高校。學校設有9個系(部)、3個二級學院，8所附屬醫院，25個本科專業及方向；現有2個博士學位授權點、3個一級學科碩士學位授權點、18個碩士學位授權點、8個省局級重點學科、9個國家中醫藥

管理局重點專病專科，其中碩士授權點涵蓋了所有中醫學科，本科專業涵蓋了醫、理、工、管四大學科門類。全校現有各類在校學生近萬人。
福建中醫學院師資力量雄厚，辦學成果豐碩。全校現有教職醫護員工2400余人，有博士、碩士生導師300多名。一大批德高望重的學術、學科帶頭人擔任國家級名老中醫學術繼承人指導老師，獲得國家有突出貢獻的中青年專家、福建省優秀專家等稱號或享受國務院特殊津貼。學校擁有中醫基礎理論、中醫骨傷科學、中西醫結合等一批國家、省級重點學科和一批國家、省級重點實驗室、醫療中心、臨床藥理基地等，在中醫經絡研究、中醫骨傷科學基礎研究、中西醫結合老年病研究、中醫證的研究、白內障基礎與臨床研究、中草藥規范化種植與開發利用、中醫藥信息研究等方面在全國居于領先地位。2002年和2007年，學校在教育部組織的兩輪本科教學工作水平評估中，均被評為“優秀”。
福建中醫學院還是一所外向型的中醫藥大學。學校從1988年起招收臺灣學生，是全國第一個招收臺灣學生的中醫藥院校。目前，學校是實行對臺灣單獨招生的高校之一，在校的臺港澳學生及外國留學生有400多名，對臺教育與交流成為辦學特色。學校還與美、德、奧、日、韓、新、馬、泰等二十幾個國家和臺港澳等地區建立了密切合作關系。
福建中醫學院環境優美，辦學條件優越。學校擁有旗山、屏山兩個校區，共占地1096畝，各類建筑面積27萬平方米，其中旗山校區是學校辦學主體所在地，校內教學、科研設施先進，生活設施齊全。校圖書館是福建省中醫藥圖書文獻信息中心。學校注