南通大學杏林學院前身為南通醫學院杏林學院，始建于1999年2月，是江蘇省首批按新機制、新模式設置的本科層次國有民辦二級學院，2004年5月在南通醫學院、南通工學院和南通師范學院三家組建合并南通大學后，學院更名為南通大學杏林學院，于2005年5月經教育部批準轉辦為獨立學院。

南通大學杏林學院比較好的專業有：

自動化、機械工程及自動化、計算機科學與技術、漢語言文學、電子信息工程、統計學、臨床醫學、行政管理。

南通大學杏林學院招生的專業有：

自動化專業
　　機械工程及自動化專業
　　計算機科學與技術專業
　　漢語言文學專業
　　電子信息工程專業
　　統計學專業
　　臨床醫學專業
　　行政管理專業
　　輕化工程專業
　　市場營銷專業
　　醫學檢驗專業
　　集成電路設計與集成系統專業
　　服裝設計與工程專業
　　土木工程專業
　　紡織工程專業
　　護理學專業
　　資源環境與城鄉規劃管理專業
　　化學工程與工藝專業