新疆醫科大學厚博學院為2003年5月6日獲準成立，并根據2004年2月5日教育部教發函[2004]13號文件正式批準，由新疆醫科大學舉辦的一所按新機制、新模式運作，充分依托、發揮新疆醫科大學綜合辦學優勢，中西醫并重，具有濃郁地域特色的本、專科層次的綜合性高等醫學院校。厚博學院現有教學管理科、學生管理科、財務管理辦公室、綜合辦公室等4個職能科室，8名工作人員。

新疆醫科大學厚博學院位于新疆維吾爾自治區烏魯木齊市新疆醫科大學鯉魚山校區，毗鄰大學本部，是國家教育部確認的獨立學院。

新疆醫科大學鯉魚山校區占地300多畝，1期工程共投資1.5個億，現建有1棟教學樓、1棟學生食堂，2棟學生公寓，總建筑面積達到8萬多平方米。其中，形態學實驗室、機能學實驗室、計算機實驗室、語音室、浴室、圖書室、學生活動中心已陸續建成并投入使用，學習、生活設施日趨完善。

申請舉辦厚博學院的新疆醫科大學，是一所集教學、科研、醫療為一體的綜合性醫科大學，目前有18所學院、4個系。擁有臨床醫學、藥學、公共衛生與預防醫學等3個博士后流動站；內科學、勞動衛生與環境衛生學、藥理學等3個博士學位授權點；37名博士生導師。另外，新疆醫科大學擁有35個二級學科碩士學位授權點，315名碩士生導師。

新疆醫科大學擁有5個省級重點學科，即，生物化學與分子生物學，藥理學、內科學、外科學，勞動衛生與環境衛生學；包蟲病實驗室、新疆地方病分子生物學實驗室等2個省級重點實驗室。