行政事業(yè)單位內(nèi)部控制工作存在諸多問題，這些問題的存在, 既制約了行政事業(yè)單位的工作效率和效果, 同時(shí)也影響了財(cái)政“節(jié)流”任務(wù)的完成和部門預(yù)算制度的實(shí)施。

缺乏高水準(zhǔn)內(nèi)控管理人員

從整體來看，事業(yè)單位內(nèi)控人員的素質(zhì)偏低，尤其在一些基層單位，內(nèi)控知識缺乏，或缺少相應(yīng)的內(nèi)控經(jīng)驗(yàn)，內(nèi)控人員難以勝任工作，不能有效的實(shí)現(xiàn)內(nèi)部控制所預(yù)測的效果，導(dǎo)致內(nèi)控執(zhí)行時(shí)缺乏必要的力度，使內(nèi)控失效。

通過對企業(yè)的財(cái)務(wù)進(jìn)行控制和評價(jià)，可以為企業(yè)的經(jīng)營者提供必要的參考，對企業(yè)的財(cái)務(wù)狀況有一個(gè)清晰明確的認(rèn)識，進(jìn)而根據(jù)企業(yè)的實(shí)際狀況，選擇正確的經(jīng)營方向。財(cái)務(wù)內(nèi)部控制體系可以對企業(yè)的財(cái)務(wù)進(jìn)行分類和歸納總結(jié)，使財(cái)務(wù)的收集情況更加明了，從而提高財(cái)務(wù)管理的透明度，有效避免壞賬、爛帳和糊涂賬的發(fā)生，為企業(yè)的財(cái)產(chǎn)安全提供保障。

第二，內(nèi)部控制本身控制模式來講，未上市公司或準(zhǔn)備上市的公司來講，很容易想到我的報(bào)告體系合乎不合乎我們國家的要求，合不合乎薩班斯的要求，就是合規(guī)和報(bào)告為目標(biāo)。也就是說我們當(dāng)前的內(nèi)部控制是以企業(yè)財(cái)務(wù)報(bào)告為載體的內(nèi)部控制模式，以財(cái)務(wù)報(bào)告為載體的內(nèi)部控制模式，不僅影響著我們的實(shí)務(wù)，還影響著我們的理論性研究和學(xué)術(shù)性研究，這是一個(gè)非常現(xiàn)實(shí)的問題。

企業(yè)的經(jīng)營和發(fā)展離不開國家宏觀調(diào)控的支持，而企業(yè)自身的財(cái)務(wù)狀況則決定了企業(yè)對于國家相關(guān)調(diào)控的接受速度和執(zhí)行能力。只有具備較為完善的財(cái)務(wù)控制評價(jià)體系，保證企業(yè)自身發(fā)展的合理有序進(jìn)行，才能以最快的速度對國家的宏觀調(diào)控作出反應(yīng)，保障國家相關(guān)政策的順利實(shí)行。

事業(yè)單位應(yīng)把業(yè)務(wù)過程和財(cái)務(wù)管控有機(jī)地結(jié)合起來，讓財(cái)務(wù)控制滲透到業(yè)務(wù)活動的每個(gè)環(huán)節(jié)，只有這樣，才可能避免業(yè)務(wù)過程中的舞弊。

內(nèi)部控制是指在一個(gè)單位內(nèi)部，為了保證業(yè)務(wù)活動的有效進(jìn)行，保護(hù)資產(chǎn)的安全和完整，防止、發(fā)現(xiàn)、糾正錯(cuò)誤與舞弊，保證會計(jì)資料的真實(shí)、完整而制定和實(shí)施的政策與程序。加強(qiáng)企業(yè)的內(nèi)部控制有利于防止企業(yè)資產(chǎn)的的流失，實(shí)現(xiàn)資本的保值增值，保證會計(jì)信息的真實(shí)性和準(zhǔn)確性，增強(qiáng)決策的科學(xué)性，有效地防范公司經(jīng)營風(fēng)險(xiǎn)，強(qiáng)化公司管理，減少決策失誤，降低道德風(fēng)險(xiǎn)，提高經(jīng)濟(jì)效益。它已經(jīng)成為衡量現(xiàn)代企業(yè)管理水平的重要標(biāo)志之一，完善企業(yè)內(nèi)部控制制度，保證會計(jì)信息的質(zhì)量，對于完善公司治理結(jié)構(gòu)和信息披露制度，保護(hù)投資者的合法權(quán)益并保證資本市場的有效運(yùn)行有著非常重要的意義。因此，如何加強(qiáng)和完善企業(yè)的內(nèi)部控制，已經(jīng)成為各方面關(guān)注的熱點(diǎn)問題。