學校為國家教育部首批試辦七年制高等醫學教育的院校之一，是國家第一批卓越醫生教育培養計劃項目的試點高校。校本部普通高等教育設17個專業：基礎醫學(“5+2”本碩連續培養)、臨床醫學(五年制、“5+3”一體化、專業碩士兒科學)、口腔醫學、兒科學、護理學、麻醉學、藥學、預防醫學、醫學影像學、公共事業管理、法學、生物技術、生物信息學、臨床藥學、市場營銷、衛生監督、生物醫學工程。

在校研究生5331人，普通本科生11704人（校本部7987人、大慶校區3717人），普通專科生3122人(大慶校區)，留學生579人。

學校擁有一級學科博士學位授權點8個（基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、生物學、生物醫學工程、公共管理、藥學、護理學），碩士學位授權點11個；二級學科博士學位授權點63個，碩士學位授權點66個。博士后科研流動站5個，生物學、藥學博士后科研流動站為全國優秀博士后科研流動站。擁有國家重點學科2個、國家重點培育學科1個，國家臨床重點專科建設項目33個，省級重點學科（群）21個，國際合作聯合實驗室1個，省部共建國家重點實驗室培育基地1個，省部共建教育部重點實驗室3個，衛生部重點實驗室2個，省級重點實驗室13個，省普通高校重點實驗室11個。

2003年通過教育部七年制高等醫學教育教學評估。2004年通過國家自然科學基金委理科基礎科學研究和教學人才培養基地評估。2005年獲教育部本科教學工作水評估等優秀成績。2006年學校作為國內首家醫學院校參加了國際醫學教育認證試點性評估，36項辦學指標全部達到世界醫學教育聯合會（WFME）醫學教育全球標準的基本要求，其中26項指標達到高質量標準要求，人才培養質量得到了國外專家肯定。作為牽頭方成立中俄醫科大學聯盟。2015年獲批部委省共建大學。“十二五”以來，主編教育部、衛生計生委“十二五”規劃教材43部。獲教育科研立項課題553項，獲國家教學成果2項；省級教學成果25項；國家實驗教學示范中心4個；國家虛擬實驗教學中心1個；教育部卓越醫生教育培養計劃改革試點項目3項；國家資源共享課程12門；國家視頻公開課程4門。發表教學論文757篇，其中國家級教學文章288篇，教學論文獲獎28篇；學校為“黑龍江省高等醫學教育研究基地”和臨床醫學碩士專業學位研究生培養模式改革試點高校。全國優秀博士學位論文評選1人獲得提名。“十二五”以來，獲得各級各類科研項目7377項，作為首席科學家主持國家重點基礎研究發展計劃（“973”計劃）1項、國家高技術發展計劃（“863”計劃）1項、國家重點研發計劃專項2項，國家自然科學基金1068項。獲得各種獎勵770項，國家科學技術進步二等獎1項、高等學校科學研究優秀成果獎（科學研究）一等獎4項、中華醫學科技一等獎1項。獲國家科研創新團隊1個、教育部科技創新團隊2個。共發表論文18264篇，其中，SCI收錄6400篇。編寫出版著作523部。擁有有效專利369件，其中發明專利153件，軟件及著作權10件。與地方政府和企業共建院士工作站2個。獲批國家級工程實驗室、工程研究中心3個、省級工程研究中心1個，省級工程技術中心2個。 學校專家、學者在國際、國家級學術團體中兼任主任委員、副主任委員、副理事長、常務理事、常務委員的專家達404個職位，擔任國際、國家級雜志主編、副主編的專家33個職位，其中有88人在多個國際、國家級學術團體中兼任副主任委員、副理事長以上職務。

主辦《中國地方病學雜志》、《國際遺傳學雜志》、《國際免疫學雜志》《哈爾濱醫科大學學報》等6種專業雜志。先后同美國、日本、加拿大、英國、澳大利亞、俄羅斯、德國、韓國等10余個國家的百余所院校和研究機構建立了友好合作關系。

五所臨床醫學院（附屬醫院）均為三級甲等醫院、全國“百佳醫院”。2017年，實際均開放床位17972張，總診療人次8136955人次。

學校連續五次被評為全國高等院校政治工作先進集體，連續五次被命名為全國文明單位。學校注重校園文化與環境建設，科技文化型校園建設成為廣大師生的共識。校園綠樹成蔭，紅柱碧瓦間高樓聳立，仿古與現代風格交相輝映，彰顯了博學與高雅的校園環境。