南京農業大學2013屆畢業生共計6514人，其中本科生4102人，碩士生1896人，博士生516人，畢業生總人數較上年增加408人，合計增幅6.7%，其中研究生增幅11%，本科生增幅4.7%。

截至2013年底，按照教育部就業率統計口徑，我校2013屆畢業生年終就業率為97.10%，其中，本科生年終就業率為97.46%，碩士生年終就業率為95.73%，博士生年終就業率為99.22%。本科畢業生直接就業比例為66.94%，其中簽約就業率64.43%、靈活就業率2.51%；另有30.52%的本科畢業生選擇繼續深造，其中國內升學比例25.60%、國外留學比例4.92%。碩士生以直接就業為主，就業率達79.59%，另有16.14%的碩士畢業生選擇繼續深造，其中有14.45%的學生選擇在國內繼續深造。博士生直接就業率98.26%，少部分人出國繼續深造。