南京中醫藥大學始建于1954年，歷經江蘇省中醫進修學校、江蘇省中醫學校、江蘇新醫學院、南京中醫學院等歷史時期，是全國建校最早的高等中醫藥院校之一，是江蘇省重點建設高校，也是江蘇省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校。半個世紀以來，南京中醫藥大學為新中國高等中醫教育培養輸送了第一批師資、主持編寫了第一套教材和教學大綱，培養并誕生了新中國中醫藥界最早的學部委員(院士)，為新中國現代中醫高等教育模式的確立和推廣做出了重要貢獻，被譽為“中國高等中醫教育的搖籃”。

學校坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，擁有仙林和漢中門兩個校區。現有各類在校生20000余名，設有基礎醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、藥學院、經貿管理學院、護理學院、外國語學院、信息技術學院、心理學院共9所直屬學院，24個本科專業，涉及醫、管、理、工、經、文等6個學科門類，初步形成了“以中醫藥為主體、中西醫結合、多學科為支撐協調發展”的辦學格局。

學校現有3個國家重點學科、14個國家中醫藥管理局“十一五”重點學科、19個國家中醫藥管理局“十二五”重點學科、4個江蘇省高校優勢學科建設工程、8個江蘇省重點學科(其中2個列入國家重點(培育)學科)。擁有中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士后科研流動站，25個博士點和44個碩士點，博士點覆蓋中醫、中藥、中西醫結合所有二級學科，具有博士生導師自審權和主干學科專業的教授評審權。學校現有5個國家級專業、6門國家級精品課程、2個國家級教學團隊、1個國家級人才培養模式創新實驗區、2個國家級實驗教學示范中心、25部國家級規劃教材(主編)。現已建成22所附屬醫院、5所中西醫結合臨床醫學院，各類教學及畢業實基地逾百所。