透明計算還實現了計算機安全級別的全面提升。它將網絡互聯臺由較高的網絡層下降到計算機芯片和操作系統間的接口層，從而打開了被國外廠商控制的芯片與操作系統之間的“黑匣子”，在接口層設計保護程序，改變了計算機領域70年的固有思維和產品結構模式，在理論上可防御所有病毒對計算機系統的攻擊，使用戶放心使用各種網絡服務。

透明計算改變了我國操作系統發展一貫采取的“替代策略”，是一次革命性創新，可以從根本上改變我國國家網絡安全和操作系統技術長期受制于人的局面。同時，透明計算具有形成新的信息技術產業鏈、拉動其他產業升級換代的前景和能力。

超級操作系統可以在桌面終端、智能手機、智能家電甚至工廠設備上運行，實現全網絡化管理硬件、虛擬化和軟件資源，包括傳統的操作系統、物理硬件和底層虛擬化資源，使得用戶可以選擇并運行任何服務需求。

目前，透明計算已成功應用于我國大型冶金企業的工控系統與工程設計，跨區域、跨醫院、跨系統的就診服務，個體化醫療信息安全采集和科研應用，手機定位功能、高校實驗室管理等方面