學校始終把教學工作作為各項工作的重中之重，大力強化教學的中心地位，不斷深化教學改革，教學管理日趨規范，教學質量穩步提高。學校注重加強學科專業建設，現有省、校級重點學科12個，重點實驗室5個；有省級特色專業、精品課程6個。

學校堅持走科研興校之路，不斷完善科研管理體制，濃化校園學術氛圍。近年來，我校承擔省級以上科研攻關課題30項，獲國家專利10項，發表論文2500余篇，出版專著100余部。作為學校科研園地的《菏澤學院學報》，先后榮獲全國高專學報一等獎、教育部優秀科技期刊二等獎、全國優秀社科學報和全國地方高校優秀學報。

按照學校發展規劃，全校師生團結一致，開拓進取，學校教學質量和科研水平明顯提高，規模、質量、結構、效益協調發展，多項工作獲得上級表彰獎勵。學校先后獲得“全省高校校園文明建設優秀單位”、“全省高校教學管理先進單位”、“全省高校黨建工作先進單位”、“山東省高校宿舍管理先進單位”、“省級食品衛生等級A級單位”、 “省級花園式單位”、 “省級文明單位”和“省高校平安校園”等近百種榮譽稱號。有3棟學生公寓被評為省標準化高校學生公寓，3個學生食堂被評為省級標準化食堂。學校德育工作在2007年12月全省高校德育檢查評估中獲優秀等次。

山東省委、省政府和菏澤市委、市政府十分重視菏澤學院的建設與發展，將加強菏澤學院建設列入“菏澤市國民經濟和社會發展第十一個五年規劃”的重點，在資金投入、人才引進等方面給予了多項支持政策。目前，菏澤學院二期工程規劃方案已初步選定，按照這一規劃，二期工程建成后，北校區總占地面積將達到1742.1畝，可容納在校生25000人。

隨著改革開放的不斷深入，踏著中國高等教育迅速發展的步伐，全校師生將以十七大精神，全面落實科學發展觀，進一步解放，開拓創新，努力把學校建設成為一所適應經濟社會發展需要、學科專業結構合理、校園環境和諧優美、人民群眾滿意信賴的優秀本科大學。

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