21項，其中，國家“973計劃”項目、“863計劃”項目、國家重大專項、國家科技支撐計劃、行業專項、國家自然科學基金項目等國家級課題122項，（其中“973”牽頭項目1項，“973”課題6項，“863”課題1項，國家重大科技專項牽頭5項，國家科技支撐計劃課題11項，行業專項3項，國家自然科學基金項目57項）；獲各級各類科技進步獎37項，其中，部省級一、二等獎18項，申請國家專利73項；到位科研經費過億元，技術合作或轉讓合同經費5千多萬元。
學校1994年發起組建的高科技股份制公司“華神藥業股份有限公司”是中醫藥院校參與發起的第一家上市公司。2002年，學校參與發起成立國家中藥現代化產業基地（四川），并承擔了四川省33個GAP基地中17個基地的建設指導工作。2002年以來，學校先后承辦了由國家科技部等三部兩局兩院和四川省人民政府共同主辦的第一、第二屆中醫藥現代化國際科技大會的學術組織工作，目前正在承辦的第三屆中醫藥現代國際科技大會的學術組織工作。
學校是教育部最早確定的有條件接受外國留學生的200所高校之一，也是最早開展對港澳臺教育的中醫藥院校之一。學校自上世紀八十年以來接收和培養了來自韓國、日本、新加坡、以色列、德國、美國、法國、捷克及香港、澳門、臺灣等29個國家和地區的學歷學生（包含本科、碩、博士研究生）及多種類型的中醫藥、針灸短期進修培訓學員4300余人次，培養了我國第一位外籍針灸學博士和方劑學博士。學校與美國、葡萄牙、德國、日本、以色列、新加坡、韓國、香港、臺灣、澳門等22個國家和地區的大學、醫療、科研機構及學術團體建立了交流合作關系。經教育部批準同意，我校在葡萄牙舉辦了中醫針灸本科學歷教育分校，是我國第一個在海外舉辦中醫藥高等學歷教育的高校。學校與英國牛津大學、倫敦城市大學開展了本科、研究生合作培養項目，與臺灣義守大學等高校開展了互換生（互相交換學生學習）校際交流項目，每年選派一批學生到項目合作高校交流學習。我校是科技部授予的“中醫藥國際科技合作基地”，國家中醫藥管理局授予的“中醫藥國際交流合作教育基地和醫療基地”，世界衛生組織也在我校設立了“WHO合作中心”。