新疆醫科大學招生專業共計有45個，分別為臨床醫學（本碩連讀）、醫學影像學、預防醫學、中西醫臨床醫學、醫學檢驗技術、康復治療學、信息管理與信息系統、公共事業管理等，具體更多完整招生專業請看下表。

新疆醫科大學招生專業一覽表

新疆醫科大學重點專業名單

1、國家級專業（6個）：預防醫學、藥學、臨床醫學、維醫學、中醫學、針灸推拿學

2、國家中醫藥管理局重點學科（8個）：中維西醫結合臨床、中醫骨傷科學、中醫各家學說、中醫皮膚病學、中醫老年病學、臨床中藥學、中醫絡病學（培育）、中醫文化學（培育）