石河子大學是雙一流大學。石河子大學是國家“211工程”重點建設(shè)高校、國家西部大開發(fā)重點建設(shè)高校和省部共建高校，是“中西部高校基礎(chǔ)能力建設(shè)工程”和“中西部高校綜合實力提升工程”（一省一校）入選高校。2017年學校入選國家“雙一流”建設(shè)（一流學科）高校。

石河子大學現(xiàn)有經(jīng)濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農(nóng)學、醫(yī)學、管理學、藝術(shù)學11大學科門類。學校有94個本科專業(yè)，8個一級學科博士學位授權(quán)點、26個一級學科碩士學位授權(quán)點、20種碩士專業(yè)學位授權(quán)類別、4個博士后科研流動站、2個博士后科研工作站。現(xiàn)有國家一流建設(shè)學科1個、國家重點學科1個、自治區(qū)重點學科10個。臨床醫(yī)學、農(nóng)業(yè)科學、化學3個學科進入ESI全球前1%。有國家級一流專業(yè)建設(shè)點6個、國家級一流課程8門，省級一流專業(yè)建設(shè)點24個。

石河子大學還有國家級教學團隊3個、國家級教學名師2人、國家級精品課程4門、精品視頻公開課3門、精品資源共享課2門、國家級專業(yè)建設(shè)項目5個、實驗教學示范中心1個。學校是教育部卓越（醫(yī)生、工程師、農(nóng)林人才）教育培養(yǎng)計劃項目試點高校，設(shè)有6個卓越人才培養(yǎng)計劃項目試點專業(yè)。學校還設(shè)有國家大學生文化素質(zhì)教育基地、校外實踐教育基地。