是雙一流大學。雙一流大學一般指世界一流大學和一流學科。南京中醫藥大學是世界一流學科建設高校，一流學科：中藥學。

世界一流學科建設學科（1個）：中藥學

國家重點學科（3個）：中藥學、中醫醫史文獻、中醫兒科學

國家重點（培育）學科（2個）：中醫學、中醫內科學

江蘇省高校優勢學科建設工程（4個）：中醫學、中藥學、中西醫結合、護理學

國家中醫藥管理局“十一五”重點學科（14個）：方劑學、溫病學、中醫兒科學、中醫婦科學、中醫肝膽病學、針灸學、藥用植物學、中藥藥理學、中藥炮制學、中醫醫史文獻學、中醫護理學、中醫脾胃病學、中醫腎病學、中醫肛腸病學