是雙一流大學(xué)。雙一流大學(xué)一般指世界一流大學(xué)和一流學(xué)科。南京中醫(yī)藥大學(xué)是世界一流學(xué)科建設(shè)高校，一流學(xué)科：中藥學(xué)。

世界一流學(xué)科建設(shè)學(xué)科（1個(gè)）：中藥學(xué)

國家重點(diǎn)學(xué)科（3個(gè)）：中藥學(xué)、中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)、中醫(yī)兒科學(xué)

國家重點(diǎn)（培育）學(xué)科（2個(gè)）：中醫(yī)學(xué)、中醫(yī)內(nèi)科學(xué)

江蘇省高校優(yōu)勢學(xué)科建設(shè)工程（4個(gè)）：中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、護(hù)理學(xué)

國家中醫(yī)藥管理局“十一五”重點(diǎn)學(xué)科（14個(gè)）：方劑學(xué)、溫病學(xué)、中醫(yī)兒科學(xué)、中醫(yī)婦科學(xué)、中醫(yī)肝膽病學(xué)、針灸學(xué)、藥用植物學(xué)、中藥藥理學(xué)、中藥炮制學(xué)、中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)學(xué)、中醫(yī)護(hù)理學(xué)、中醫(yī)脾胃病學(xué)、中醫(yī)腎病學(xué)、中醫(yī)肛腸病學(xué)