生物醫學工程專業就業方向包括生物醫學工程領域、醫學儀器以及其它電子技術、計算機技術、信息產業等部門，可以從事研究、開發、教學及管理的相關工作。

生物醫學工程專業學生主要學習生命科學、電子技術、計算機技術和信息科學的基本理論和基本知識，受到電子技術、信號檢測與處理、計算機技術在醫學中的應用的基本訓練，具有生物醫學工程領域中的研究和開發的基本能力。

生物醫學工程專業學生就業的主要去向為研究機構，醫院影像、設備、臨床工程、信息中心等相關科室，醫療器械相關企業、事業單位，政府相關管理部門等。

可在管理機構和國家機關，醫學機構（臨床研究、高度專業化的醫學護理，管理）, 在醫療器械的使用、銷售和服務上，研究所，大學（基礎研究，教學），國際制藥、保健品企業（管理、研究和開發），私人機構和醫生合作，畢業生可直接參加高度專業化的醫學護理和解決臨床基礎研究的問題，由他們研制的器械和系統對于疾病的觀察、診斷、治療、緩解起著很重要的作用。