武漢工程大學王牌專業：應用化學、高分子材料與工程、過程裝備與控制工程 、制藥工程 、化學工程與工藝。

武漢工程大學的王牌專業很強勢，尤其是在非211、985高校中更是顯眼。學校有5個國家級專業，4個教育部"卓越工程師教育培養計劃"試點專業。

據5月最新發布的ESI數據顯示，武漢工程大學化學、材料科學、工程學3個學科進入ESI全球排名前1％，位列湖北省屬高校第一。

國家級專業：應用化學、高分子材料與工程、過程裝備與控制工程 、制藥工程 、化學工程與工藝

教育部"卓越工程師教育培養計劃"試點專業：軟件工程、礦物加工工程、化學工程與工藝、制藥工程

國家級重點學科：化學制藥、化學工藝

省級重點學科：化學工程與技術、化學工程、化學工藝、生物化工、應用化學、工業催化、材料科學與工程、材料學、材料物理與化學、材料加工工程、無機化學、高分子化學與物理、環境工程、防災減災工程及防護工程 、化工過程機械、機械電子工程、模式識別與智能系統