武漢工程大學王牌專業有：制藥工程專業、應用化學專業、高分子材料與工程專業、過程裝備與控制工程專業、化學工程與工藝專業。

最好的學科專業名單

國家級重點學科（2個）：化學制藥，為原化工部重點學科，現發展為制藥工程專業。化學工藝，1998年獲原化工部高等學校重點學科。

國家級特色專業（5個）：應用化學、高分子材料與工程 、過程裝備與控制工程、制藥工程 [20] 、化學工程與工藝。