菏澤共有四所大學，分別是菏澤學院、菏澤醫學專科學校、菏澤家政職業學院、菏澤職業學院。

菏澤學院

菏澤學院位于山東省菏澤市，是一所全日制普通本科高校。2004年5月，教育部正式批準菏澤學院為普通本科高校；2012年劃歸省直屬管理，順利通過了教育部本科教學工作合格評估；2018年順利通過教育部本科教學工作審核評估。

學校現有4個校區，占地面積1436畝，建筑面積57.74萬平方米。現有本科專業63個，涉及文學、歷史學、經濟學、法學、理學、工學、農學、教育學、管理學、藝術學十大學科門類。面向25個省、自治區招生，全日制本專科在校生22193人。

菏澤醫學專科學校

菏澤醫學專科學校是一所由山東省人民政府舉辦的省屬公辦全日制普通高等專科學校。

菏澤醫學專科學校的前身是1950年經國務院批準建立的平原省衛生學校；1958年，更名為菏澤地區醫學專科學校，后又歷經山東省菏澤地區衛生學校、山東省菏澤地區醫學專科學校、山東省菏澤地區衛生學校等辦學時期；1978年經國務院批準，更名為菏澤醫學專科學校。

菏澤家政職業學院

菏澤家政職業學院是我國第一所獨立設置、以家政為特色的普通高等職業院校，坐落在魯蘇豫皖四省交界的單縣開發區，規劃占地744畝，建筑面積15.1萬平方米，總資產2.16億元。實驗室100余個，實驗設備2000余臺，藏紙質圖書23萬冊。

學校開設21個大專專業和12個中專學歷教育、6個短期培訓專業，中職、高職和本科職業教育“立交橋”基本形成。

菏澤職業學院

菏澤職業學院是于2012年12月經山東省人民政府批準、國家教育部備案的國辦全日制普通高等學校。

學校先后被命名為全國退役士兵職業技能培訓基地、山東省外包服務培訓基地、山東省旅游產學研合作基地、山東省百佳學生資助工作單位。擁有電子商務專業群、人工智能專業群兩個山東省高等職業教育品牌專業群建設項目。