橫向運輸（非極性運輸）發生在根莖尖等產生生長素的幼嫩部位，需受外界單一方向的刺激時才能發生，如單側光、重力。運輸方向與刺激方向一致。而極性運輸是主動運輸，是由形態學上端到形態學下端，不是由于重力引起的，運輸過程是需要耗能的。

極性運輸（又稱縱向運輸）就是生長素只能從植物的形態學上端往形態學下端運輸，而不能倒過來運輸。這是由遺傳物質決定的，而不受重力影響。是根據Goldsmith提出的化學滲透極性假說，各細胞細胞膜底部上攜有生長素載體蛋白，頂端細胞膜沒有這種蛋白，所以生長素只能從細胞底部運向下一個細胞。

生長素在植物體內除了極性運輸之外，也發現在植物體中存在被動的、在韌皮部中無極性的生長素運輸現象，成熟葉子合成的生長素可能就是通過韌皮部進行非極性的被動運輸。通常生長素的極性運輸是需能的主動過程，而與極性運輸不同的是，非極性運輸與植物形態學方向無明顯關系的運輸方式。這已經能夠通過實驗得到證實，即在葉面施加外源性的生長素，在根的基部能夠檢測得到；在根部施用外源性的生長素，在葉子上能夠檢測得到。