藍細菌的種類有：微囊藍菌屬、魚腥藍菌屬、單歧藍菌屬、顫藍菌屬。藍細菌廣泛分布于自然界，包括各種水體、土壤中和部分生物體內外，甚至在巖石表面和其他惡劣環境(高溫、低溫、鹽湖、荒漠和冰原等)中都可找到它們的蹤跡，有“先鋒生物”之美稱。它們在巖石風化、土壤形成以及水體生態衡中起著重要的作用。

1、微囊藍菌屬（Microcystis）。池塘、湖泊中常見的種類。細胞較小，一般為球狀，多次分裂產生氣泡，許多細胞密集在一起，在一個共同的膠鞘膜中，形成球形膠團，浮游水中。

2、魚腥藍菌屬（Anabaena）。細胞球形。細菌分裂總是在相行的面上形成鏈狀絲，鏈狀絲有一層或薄或厚的鞘，在鏈狀絲中有少數細胞形和其他細胞不同。細胞壁明顯加厚，稱為異形胞。在水中生長，鏈狀絲包在一個共同的膠被中，形成不定形膠塊。

3、單歧藍菌屬（Tolypothrix）。相行的分裂面分裂，形成整齊的有行的隔臘細胞絲。異形胞長在細胞絲的的頂端，在細胞絲外面有一共同的鞘膜，鞘膜的細胞連在一起形成假分枝。

4、顫藍菌屬（Oscillatoria）。細胞絲由餅狀細胞疊壘形成，不分枝，也沒有假分枝，沒有異形胞。在水中不斷顫動，故名。