種皮來自于珠被（母本）。隨種子的成熟，胚珠的珠被經不同程度的變化而形成，雖然多少有例外，但裸子植物和被子植物合瓣花類是由一層構成的，離瓣花類和單子葉植物是由二層構成的。由二層構成的種皮，特分為內種皮和外種皮。

種皮結構的多樣性是由珠被的數目和厚度、細胞的厚壁化、機械細胞的分布、色素和有機物的沉積、細胞的退化消失、表皮細胞的特化等組合原因而形成的。

傘形科和菊科的珠被細胞內含物減少，種皮成為薄膜狀。在百蕊草、玉米中看不到種皮。如臭松屬珠被和胚乳都消失，也看不到種皮的發育，幼胚直接由子房壁被覆。棉、柳的種皮表皮細胞細長延伸成為纖維細胞。

蓖麻、菜豆表皮細胞沉積色素，形成帶色花紋．石刁柏外珠被的表皮細胞和內珠被全部角質化。

亞麻、車前草的種皮的表皮有吸濕性，可因濕氣而成為粘膠狀。木樨草屬的內珠被表皮發育成為種皮。眼子菜的種皮通過在鳥類體內對其表面的消化，可促進種子發芽。種皮具有保護種胚和萌發時吸收水分的作用。