司馬遷被處宮刑主要是因為為李陵辯解觸怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，諷刺勞師遠征、戰敗而歸的李廣利，于是下令將司馬遷打入大牢，并處以宮刑。

李陵的知名度可能不是很高，但是李陵的爺爺西漢名將李廣是家喻戶曉的人物，“但使龍城飛將在，不教胡馬度陰關。”中的“飛將”便是指李廣。司馬遷曾說李陵“其為人，自奇士，事親孝，與士信，臨財廉，取予義，分別有讓，恭儉下人，常思奮不顧身，以拘國家之急，其所蓄積也，仆以為有國士之風。”

西漢二年，李廣利討伐匈奴，漢武帝命令李陵在后面“將輜重”，李陵不愿意，自請獨當一面，于是他遂領五千名步卒深入疆界。結果這支步兵恰好遇上了匈奴大隊，李陵及其部下在當時進行了艱苦卓絕的戰斗。然而由于寡不敵眾，李廣利又拒絕發兵救援，李陵一支孤軍只能且戰且退，最后全軍覆沒。李陵沒有以身殉國，而是選擇了“一失足即成千古恨”的投降一途。

消息傳到西漢朝廷后引起漢武帝震怒，朝堂之上，看武帝眼色行事的滿朝文武自然也對李陵發出義正辭嚴的譴責，一致要求予以嚴懲。只有司馬遷對此持不同看法。但他一是礙于人微言輕，考慮到自己的意見講出來不起作用，二是怕與大多數朝臣的意見相左，于是而隱忍不發。漢武帝發現朝臣中只有司馬遷未表態，特意召他詢問，司馬遷于是和盤托出了自己的意見，結果陷入不測之罪。