為貫徹“以學生為本”的教育理念，學校除特殊類型招生外給予本科學生轉專業機會，新生入學一學年后可依照《甘肅中醫藥大學普通高等教育轉專業管理辦法》進行申請。

學校堅持以甘肅道地藥材，地方中醫藥文獻，西部常見病、疑難病的中醫藥防治，名老中醫經驗傳承等研究為重點，建有17個省部級重點學科，9個省醫療衛生重點學科，19門省級精品課程，總面積約2200平方米的科研實驗中心。有1個教育部重點實驗室，3個國家中醫藥管理局中醫藥科研三級實驗室，4個甘肅省重點實驗室，2個甘肅省高校省級重點實驗室，2個甘肅省高校人文社科重點研究基地；“甘肅省中藥現代化工程技術研究中心”、“蘭州中藥現代化工程技術研究開發中心”，“西北中藏藥協同創新中心”為甘肅省首批“2011協同創新中心”。學校是全國第四次中藥普查甘肅省試點工作技術依托單位、國家基本藥物所需中藥材種子種苗繁育基地建設甘肅省牽頭指導單位，還先后承擔國家、省部級和其他科研課題2100余項，鑒定省級以上科技成果400余項，獲廳局級以上科技進步獎200余項。主編、撰寫出版各種學術著作400余部，在省級以上刊物發表科研論文6000余篇。主辦《甘肅中醫學院學報》、《中醫兒科雜志》、《甘肅基層衛生》三種學術期刊，其中《中醫兒科雜志》為中華中醫藥學會系列雜志。學校直屬附屬醫院擁有院內制劑106個，取得了較好的社會效益和經濟效益。
學校高度重視黨建和思想政治教育工作，積極開展豐富多彩的校園文化活動、社會實踐活動和公益服務活動，推進“大學生素質拓展計劃”，先后被評為“全省高校思想政治教育工作先進單位”、“全省高校統戰工作先進單位”。校工會和附院工會被授予“全國教科文衛體系統先進工會組織”榮譽稱號。