其中臨床醫學進入ESI學科排名的全球前1%，是廣東省擁有ESI排名全球前1%學科7所高校之一。學校具有研究生推免資格，有一級學科碩士授權點5個，二級學科碩士授權點35個，有一級學科博士授權點1個（臨床醫學，涵蓋20個二級學科，16個三級學科），設有一級學科（臨床醫學）博士后流動站。此外，學校擁有5個國家級臨床重點專科，39個省級臨床重點專科。
學校設有呼吸疾病研究所、蛇毒研究所、中西醫結合研究所、神經科學研究所、化學致癌研究所、腫瘤研究所、人文社會科學研究所、婦產科學研究所、心血管疾病研究所、骨科研究所、高等教育研究所、免疫研究所、泌尿外科研究所等13個研究所。設有廣東省倫理學研究中心、廣東省窺鏡外科研究開發中心、廣東省呼吸醫學工程技術研究開發中心、藥物研究中心。呼吸疾病實驗室是廣東省地方高校中第一個國家重點實驗室，神經遺傳與離子通道病重點實驗室是教育部與廣東省共建重點實驗室。另外擁有省級重點實驗室6個、廳市級重點實驗室12個。年來，學校承擔國家“973”、“863”等重大科研項目多項，在《自然醫學》、《柳葉刀》等世界知名雜志上發表多篇高水論文。
學校主辦的學術刊物有《廣州醫科大學學報》、《中華生物醫學工程雜志》、《中華關節外科雜志》、《血栓與止血學雜志》、《CHEST》（中文版）、《J Thoracic Disease》。其中《J Thoracic Disease》2013年被SCI收錄，《中華生物醫學工程雜志》2011年被中國核心期刊收錄。
學校先后與美國霍普金斯大學、加州州立大學、馬里蘭大學，法國斯特拉斯堡大學，英國愛丁堡大學、伯明翰大學、胡弗漢頓大學，韓國延世大學，澳大利亞昆士蘭科技大學，香港大學、香港中文大學、香港理工大學，臺灣義守大學、臺灣中山醫學大學等高等院校和研究部門開展合作辦學和學術交流活動。有一批國外著名高校專家被聘為學校特聘教授、名譽教授或客座教授。
半個世紀的薪火相傳，學校堅持發揚廣醫大學精神，實施“學科強校、人才興校、附屬醫院組團發展”三大戰略，與時俱進，開拓進取，從整體上提升了學校辦學的核心競爭力，實現了自身的快速發展和辦學水的不斷提高，為創建較高水的教學研究型醫科大學奠定了堅實的基礎。

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