學校設有臨床醫學（五年制、“5+3”一體化）、預防醫學、法醫學、口腔醫學、兒科學、醫學影像學、麻醉學、護理學、精神醫學、藥學、中藥學、臨床藥學、藥物制劑、醫學檢驗技術、醫學實驗技術、醫學影像技術、生物制藥、眼視光學、衛生檢驗與檢疫、康復治療學、運動康復、社會工作、信息管理與信息系統（醫藥方向）、公共事業管理（衛生事業管理方向、健康產業管理方向）、勞動與社會保障、英語（醫學方向）26個本科專業，涉及醫學、工學、管理學、法學、文學五個學科門類。其中，臨床醫學專業為國家“本科教學工程”地方高校第一批本科專業綜合改革試點，臨床醫學、預防醫學、法醫學、藥學、護理學5個專業為國家級專業建設點。

學校是全國首批碩士學位、學士學位授權單位，山西省首批博士學位授權單位，現有生物學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、護理學4個一級學科博士學位授權點，42個二級學科博士學位授權點；生物學、基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、中藥學、護理學7個一級學科碩士學位授權點，57個二級學科碩士學位授權點；臨床醫學、口腔醫學、公共衛生、護理、藥學、應用心理、社會工作、圖書情報8個碩士專業學位授權點。

學校生理學為國家重點學科，生物學、公共衛生與預防醫學、臨床醫學3個一級學科設有博士后科研流動站，細胞生理學實驗室為省部共建教育部重點實驗室，臨床技能實訓中心、基礎醫學實驗教學中心為國家級實驗教學示范中心，重癥醫學、泌尿外科學、中醫護理學、骨科學、腎病學、普通外科學、老年病學、急診醫學、風濕免疫學、護理學、病理學、眼科學、心血管內科13個學科為國家臨床重點專科。生物學為山西省優勢重點學科，公共衛生與預防醫學、臨床醫學、護理學為山西省重點學科。另有省重點學科10個、省級重點實驗室10個，省重點科技創新臺等省級重點教學、科研臺10個。

學校科研發展勢頭良好，科研實力顯著增強，科技水穩步提升。“十二五”期間，科技總經費39456萬元；共承擔省級以上科技計劃項目2074項，其中國家自然科學基金項目190項；發表科研論文9800余篇，其中第一知識產權SCI收錄論文800余篇；獲專利授權114項，出版著作176部；獲省部級科技獎勵166項。

學校與美國、德國、澳大利亞、意大利、日本、新加坡以及香港、臺灣等多個國家和地區的大學和機構建立了教育、科技、醫療合作關系，并開展了多項實質性的交流合作。

經過九十八年的薪火相傳，經過幾代人的艱辛拼搏，山西醫科大學取得了輝煌成就。在未來的征程中，學校將適應教育發展新常態，繼承優良辦學傳統，緊抓發展機遇，加快發展步伐，為全面建成國內先進、鮮明的教學研究型醫科大學而努力奮斗。

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