濟寧醫學院共計開設27個專業，分別為預防醫學、臨床醫學、護理學、藥學、醫學檢驗、藥物制劑、精神醫學、病理學與病理生理學、神經病學、免疫學、心血管疾病研究診療中心等，具體完整專業名單見下表。

濟寧醫學院專業一覽表

濟寧醫學院特色重點專業名單

1、國家級特色專業（2個）：預防醫學、臨床醫學。

2、省級特色專業（7個）：預防醫學、臨床醫學、護理學、藥學、醫學檢驗、藥物制劑、精神醫學。

3、山東省省級教學改革試點專業（1個）：臨床醫學。

4、山東省重點學科（5個）：病理學與病理生理學、神經病學、免疫學、心血管疾病研究診療中心、神經內科學。