鄂爾多斯應用技術學院以本科教育為主，將逐步建設涵蓋工學、醫學、管理學、藝術學等學科專業體系，主要培養地區經濟社會發展所需要的應用型、技術技能型人才，現開設交通運輸、機械工程、汽車服務工程、化學工程與工藝、材料化學、土木工程、自動化、電氣工程及其自動化、電子信息科學與技術、計算機科學與技術、音樂表演、舞蹈表演、護理學、醫學檢驗技術、眼視光學等15個本科專業。此外，現有地下工程與地下技術1個碩士點，設置護理、臨床醫學、蒙醫學、眼視光技術、醫學檢驗技術、藥品經營與管理、醫學影像技術、建筑工程技術、應用化工技術、機電一體化技術等10個專科專業，設置護理、蒙醫醫療與蒙藥、農村醫學、中藥、醫學檢驗技術、醫學影像技術、助產、藥劑等8個中專專業。現有全日制在校生6857人，其中研究生、本科學生3357人。

2017年招收機械工程（專業代碼：080201）、交通運輸（專業代碼：081801）、汽車服務工程（專業代碼：080208）、自動化（專業代碼：080801）、電子信息科學與技術（專業代碼：080714）、計算機科學與技術（專業代碼：080901）、電氣工程及其自動化（專業代碼：080601）、土木工程（專業代碼：081001）、化學工程與工藝（專業代碼：081301）、材料化學（080403）、護理學（專業代碼：101101）、醫學檢驗技術（專業代碼：101001）、眼視光學（專業代碼：101004）、音樂表演（專業代碼：130201）、舞蹈表演（專業代碼：130204）等15個本科專業。護理（專業代碼：620201）、醫學影像技術（專業代碼：620403）、康復治療技術（專業代碼：620501）3個專科專業。招生計劃由內蒙古自治區招生管理部門以規定的形式向社會公布。