有2個校區，分別是哈爾濱工程大學青島校區、哈爾濱工程大學本部。學校先后隸屬于第六機械工業部、中國船舶工業總公司、國防科工委，現隸屬于工業和信息化部。是工業和信息化部、教育部、黑龍江省、哈爾濱市共建高校。

哈爾濱工程大學本部：黑龍江省哈爾濱市南崗區南通大街145號。

學校1978年被國務院確定為全國重點大學；是首批具有博士、碩士學位授予權單位，首批“211工程”重點建設高校；2002年，獲批建立研究生院；2011年，成為國家“985工程”優勢學科創新臺項目建設高校；2017年，進入國家“雙一流”建設行列；是國家“三海一核”（船舶工業、海軍裝備、海洋開發、核能應用）領域重要的人才培養和科學研究基地。

學校在教育部第四輪學科評估中獲A+、A-等級學科各1個，獲B+等級學科5個，B級學科6個，13個學科進入全國前30%行列；學校材料科學、工程學、化學進入ESI全球前1%。