蒙藥學專業的學生主要面向蒙醫醫療機構、蒙藥生產與經營企業、藥品質檢機構，在蒙藥種植、制劑生產、質檢、營銷與管理等崗位群，從事蒙藥種植、鑒定、前處理、炮制、制劑生產、質量檢測、營銷與管理等工作。

蒙醫學包括基礎理論、蒙藥與蒙藥方劑、臨床各科等幾大學科。蒙醫基礎理論主要研究人體生理、病理、疾病的診斷和治療原則以及治療方法等，對臨床各科具有指導意義的一門學科。蒙醫學理論來源于臨床實踐，又反過來指導臨床實踐，并在實踐中不斷得到充實和發展。

蒙藥學專業培養具備蒙藥學基本理論.基本知識和基本實驗技能以及與其相關的蒙醫學、藥學等方面的知識與能力，能在蒙藥生產、檢驗、流通、使用和研究與開發領域從事蒙藥鑒定、設計、制劑及臨床合理用藥等方面工作的高級科學技術人才。

蒙藥學專業的學生主要學習蒙藥學各主要分支學科的基本理論和知識，受到蒙藥學實驗方法和技能的系統訓練，具有蒙藥鑒定、蒙藥炮制、蒙藥制備、質量控制評價的基本能力。