分子是指保持物質化學性質的最小粒子。原子是指化學變化中的最小粒子。元素是指具有相同的核電荷數（即核內質子數）的一類原子的總稱。

由分子構成的物質，分子是保持物質化學性質的最小粒子。原子是化學變化中的最小粒子。 分子與原子 都是構成物質的一種粒子，質量和體積都非常小，彼此間有間隔，在不停地運動，都既有種類之分，又有個數之別，都不顯電性。分子總是在不斷的運動，分子之間有間隙。

所有原子中最簡單的是只包含一個電子的氫原子，復雜的原子則可以包含上百個電子。電子象云（電子云）一樣分布在原子核周圍的空間,因為它是按幾率分布的,所以電子云具有不同的形狀和伸展方向。分子是原子的結合體。

原子是構成物質的最小粒子。是不對的，原子又可以分為原子核與核外電子，原子核又由質子和中子組成，而質子數正是區分各種不同元素的依據。質子和中子還可以繼續再分。所以原子不是構成物質的最小粒子，但原子是化學反應中的最小粒子。