藍藻是植物,在植物分類學上將它單獨列為一門,即藍藻門，但因為藍藻和細菌都是靠自生分裂增殖,所以有的專家將它們列為裂殖植物門,分為裂殖植綱和裂殖菌綱。

藍藻又名藍綠藻，是一類進化歷史悠久、革蘭氏染色陰性、無鞭毛、含葉綠素a，但不含葉綠體(區別于真核生物的藻類)、能進行產氧性光合作用的大型單細胞原核生物。與光合細菌區別是：光合細菌(紅螺菌)進行較原始的光合磷酸化作用，反應過程不放氧，為厭氧生物，而藍細菌能進行光合作用并且放氧。

至今已有120多種藍細菌具有固氮能力，特別是與滿江紅魚腥藍細菌共生的水生蕨類滿江紅，是一種良好的綠肥。但是，有的藍細菌在受氮、磷等元素污染后引起富營養化的海水“赤潮”和湖泊的“水華”，給漁業和養殖業帶來嚴重危害。