胞內蛋白不一定都需要加工，細胞質基質蛋白，線粒體、葉綠體部分蛋白、核蛋白等胞內蛋白，它們不需要經過內質網、高爾基體加工。胞內蛋白是由細胞質內游離的核糖體上合成的，不需要運輸到細胞膜外，只在細胞內起作用――如呼吸酶DNA聚合酶、各種轉氨酶、DNA解旋酶、RNA聚合酶等細胞生命活動必需的酶。

呼吸酶，DNA聚合酶，RNA聚合酶，在細胞內發揮作用的蛋白質都屬于胞內蛋白。胰島素、抗體、胃蛋白酶等分泌到細胞外屬于分泌蛋白。

細胞中有游離的核糖體和附著在內質網上的核糖體。游離的核糖體就是制造胞內蛋白的，這個不經過內質網和高爾基體。而附著在內質網上的核糖體，核糖體僅將氨基酸轉化為肽鏈，進一步的加工則交由內質網和高爾基體處理，最后由細胞膜分泌出細胞外。其實胞內蛋白種類很多，不一樣的蛋白形成的方式可能不相同。