肽鍵是共價鍵,共價鍵是化學鍵的一種，兩個或多個原子共同使用它們的外層電子，在理想情況下達到電子飽和的狀態，由此組成比較穩定的化學結構，像這樣由幾個相鄰原子通過共用電子并與共用電子之間形成的一種強烈作用叫做共價鍵。其本質是原子軌道重疊后，高概率地出現在兩個原子核之間的電子與兩個原子核之間的電性作用。

一分子氨基酸的α-氨基與另一分子氨基酸的α-羧基脫水縮合形成的共價鍵稱為肽鍵( peptide bond)。兩分子氨基酸縮合成為二肽，二肽仍有自由α-氨基和α-羧基，能同樣通過肽鍵與其他氨基酸縮合成三肽，相同的反應可繼續進行，依次形成四肽、五肽……通常由10個以內氨基酸連成的肽稱為寡肽，更多的氨基酸可連成多肽，氨基酸相互連接，形成長鏈，稱為多肽鏈。

肽鍵的特點為：

1. 氮原子上的孤對電子與羰基具有明顯的共軛作用。

2. 肽鍵中的C―N鍵的鍵長比C=N鍵長，比相鄰的C一N單鍵短；肽鍵中的C一N鍵具有部分雙鍵性質，不能自由旋轉。

3. 組成肽鍵的四個原子處于同一面。

4. 在大多數情況下，肽鍵是以反式結構存在的。