等位基因是控制同一性狀的兩個不同基因，如：Aa，Bb。相同基因只控制同一性狀的相同基因，如：AA，BB。等位基因是指在一對同源染色體上，占有相同座位的一對基因，它控制一對相對性狀。

什么是等位基因

等位基因，是指位于一對同源染色體相同位置上控制同一性狀不同形態的基因。

注釋：同源染色體是在二倍體生物細胞中，形態、結構基本相同的染色體，并在減數第一次分裂（參考減數分裂）的四分體時期中彼此聯會（若是三倍體及其他奇數倍體生物細胞，聯會時會發生紊亂），最后分開到不同的生殖細胞（即精子、卵細胞）的一對染色體，在這一對染色體其中的一條來自母方，另一條來自父方。

二者的區別

染色體是成對出現的。等位基因，是你的一對染色體上相同位點的兩個基因。故稱等位（位置像同桌關系）。相同基因就是一樣的基因。

等位基因可以是相同的，也可以不同。相同時，稱為純合子，不同的稱雜合子。